Il porto di Santa Margherita Ligure è fatto a forma di ferro di cavallo ed è protetto da un molo foraneo che si protende verso NE- NNE. La rada interna del porto è costituita dallo specchio acqueo delimitato dalla congiungente "fanale rosso sulla diga foranea - Punta Pagana.
Internamente è formato da n° 6 banchine di varia lunghezza dalle quali si dipartono n° 8 pontili galleggianti gestiti da privati e destinati come di seguito specificato: Pontile Lanzarotto Maloncello - trasporto passeggeri di linea; banchina Usodimare - alaggio varo e sosta imbarcazioni; Banchina S.Erasmo - alaggio, varo e sosta imbarcazioni; Banchina S.Erasmo ad W del pontile OPN - piccola pesca; 1° tratto Banchina Vivaldi (Calata Porto) - uso pubblico; 2° tratto Banchina Vivaldi (Calata Porto) - piccola pesca professionale, unità militari e Forze di Polizia - 3° Tratto Banchina Vivaldi (Calata Porto) - diporto (lunghezza 12 - 15 metri); Pontile galleggiante tra banchina Vivaldi e Piazzale Cagni - Soc. Canottieri; Piazzale Cagni - diporto (lunghezza fino a 20 metri); Banchina Amm. Rizzo (6,5 metri) - rifornimento carburante.
Pericoli: Problemi di risacca con venti da S-SW- presenza catenarie sul fondale.

Fari e fanali: 1692 (E1254) - Fanale a lampi rossi, periodo 4 sec., portata 8 M sull'estremità del molo.
Fondo marino: fangoso.
Fondali: in banchina da 2 a 11 m.
Radio: Vhf canale 16 - 11 (con le limitazioni di cui sopra).
Posti barca: 355.
Lunghezza massima: 60 m.
Divieti: velocità massima 3 nodi.
Venti: libeccio e scirocco.
Traversia: libeccio e scirocco.
Ridosso: Venti da nord e quelli del III e IV quadrante.