Il porto di Molfetta è protetto da un lungo molo di sopraflutto completamente banchinato, da un molo di sottoflutto (molo pennello) e da una diga antemurale (Achille Salvucci). 
Pericoli: Entrando in porto prestare massima attenzione ai lavori, in corso di realizzazione, relativi al prolungamento della diga antemurale "A. Salvucci". Con mare formato da NE è pericoloso entrare in porto. Prestare attenzione alla secca di S. Domenico presente all'interno del bacino portuale, nei pressi del molo Pennello (segnalata da segnalamento laterale destro e da segnale di pericolo isolato).

Fari e fanali: 3752 (E 2248) - faro a luce isofase bianca, periodo 6 sec., portata 16 M, sul gomito tra i moli foraneo e San Michele; 3752 - boa cilindrica laterale sinistra a lampi rossi, periodo 3 sec., portata 5 M sulla sinistra entrando in porto segnala bassi fondali; 3756 (E 2248.5) - fanale a lampi rossi, periodo 5 sec., portata 7 M sull'estremità del molo Sperone (mantenersi a non meno di 30 metri); 3757 (E 2249) - fanale a lampi verdi, periodo 5 sec., portata 7 M sull'estremità del secondo braccio del molo di soprattutto (mantenersi a non meno di 30 metri); 3758 (E 2253) - fanale a luce fissa verde portata 2 M sull'estremità della banchina martello; 3759 (E 2253.5) - fanale a luce fissa rossa, portata 2 M, sulla testata del molo foraneo; 3757 (E 2250) - fanale a lampi verdi, periodo 5 sec., portata 7 M, sulla testata nord-est della Diga Antemurale; 3760 (E 2254) - fanale a luce fissa verde, portata 4 M, sull’estremità del molo Pennello; 3764 - boa conica verde a lampi verdi, grp. 2, periodo 6 sec., portata 3 M 185 m ad ESE del fanale del molo Pennello, segnala la Secca S. Domenico.
Fondo marino: fango e roccia buon tenitore.
Fondali: in banchina da 3 a 7,4 m; in porto da 1,5 a 9,0 m
Radio: Vhf canale 16.
Posti barca: 200 circa.

Venti: dominanti II e IV quadrante. In estate venti di brezza.
Traversia: N-NE
Ridosso: II e III quadrante.
Rade sicure più vicine: Bisceglie e Giovinazzo.