Identificata come area marina di reperimento secondo la Legge n. 979 del 1982, art. 31 (Suppl. ordinario G.U. n. 16 del 18 gennaio 1983) e ss.mm. e la Legge quadro sulle aree protette, l’area marina protetta delle Isole Ciclopi è stata istituita con Decreto 7 dicembre 1989, modificato dal Decreto 17 maggio 1996 e integralmente sostituito dal Decreto 9 novembre 2004 (GU n. 16 del 21 gennaio 2005).

La zona A, di riserva integrale, comprende il tratto di mare circostante le Isole Ciclopi, delimitato dalla congiungente i seguenti punti:
  Latitudine Longitudine
  37°33’.79 N 15°09’.92 E
  37°33’.70 N 15°10’.11 E
  37°33’.55 N 15°10’.14 E
  37°33’.40 N 15°09’.85 E
  37°33’.59 N 15°09’.80 E
E’ consentito l’accesso ai natanti a remi per il solo raggiungimento delle aree di balneazione situate nelle seguenti aree:
- nel tratto di mare, lungo il versante Ovest dell’Isola Lachea, che si estende dalla via di accesso all’Isola fino al canale della Longa con un’estensione di 30 metri dalla scogliera;
- nel tratto di mare che circonda Punta Cornera, che si estende dall’estremo Nord dell’Isola Lachea fino alla prima insenatura del versante Est, con un’estensione di 30 metri dalla scogliera;
La zona B, di riserva generale, comprende il tratto di mare circostante la zona A, delimitato dalla congiungente i seguenti punti:
  Latitudine Longitudine
  37°34’.11 N 15°09’.89 E (in costa)
  37°34’.04 N 15°10’.91 E
  37°32’.91 N 15°10’.12 E
  37°33’.29 N 15°09’.50 E
  37°33’.58 N 15°09’.61 E (in costa)
Vi sono consentite le attività possibili in zona A; la balneazione; la navigazione a vela e a remi; la navigazione a motore ai natanti, ad eccezione delle moto d’acqua o acqua-scooter e mezzi similari; la navigazione alle imbarcazioni a velocità non superiore a cinque nodi; la navigazione a motore alle unità navali adibite al trasporto collettivo e alle visite guidate; l’ormeggio in zone individuate e autorizzate dal soggetto gestore mediante appositi campi boe, posizionati compatibilmente con l’esigenza di tutela dei fondali; l’esercizio della piccola pesca artigianale; l’attività di pesca-turismo; la pesca sportiva, con lenza e canna, autorizzata dal soggetto gestore; le visite guidate subacquee.

La zona C, di riserva parziale, comprende il residuo tratto di mare all’interno del perimetro dell’area marina protetta, compreso il Porto di Acitrezza. le attività consentite in zona A e in zona B. Vi è consentita la navigazione a motore ai natanti, ad eccezione delle moto d’acqua o acqua-scooter e mezzi similari, e alle imbarcazioni, a velocità non superiore a dieci nodi; l’ancoraggio in zone appositamente individuate dal soggetto gestore.