Il porto del Giglio è protetto da due moli che racchiudono uno specchio d’acqua all’interno del quale è situato un pontile in muratura dove ormeggiano i traghetti di linea.
Orario di accesso: continuo.
Accesso: l'accesso e l'uscita dal porto deve essere autorizzato dalla CP locale sul canale 13 Whf; prestare attenzione in entrata ed in uscita ai venti del II quadrante che causano un forte scaroccio verso l’estremità del molo di ponente; massima attenzione alle navi traghetto in servizio di linea con Porto Santo Stefano.
Fari e fanali: 2156 (E 1486) - faro a lampi bianchi, grp. 3, periodo 15 sec., portata 16 M, su Punta Fenaio, all’estremità Nord dell’isola (visibile da 026° a 249°); 2160 (E 1488) - fanale a lampi rossi, periodo 3 sec., portata 7 M, sul moletto di levante (distanza di sicurezza 20 m); 2164 (E 1490) - fanale a lampi verdi, periodo 3 sec., portata 7 M, sul moletto di Ponente (distanza di sicurezza 10 m); 2168 (E 1492) - faro a lampi bianchi, grp. 4, periodo 30 sec., portata 23 M, su Punta del Capel Rosso, all’estremità Sud dell’isola (visibile da 232° a 134°).
Fondo marino: sabbioso.
Fondali: in porto massimo 5 m.
Radio: Vhf canale 14/16.
Posti barca: 196 di cui 20 per il transito.
Lunghezza massima: 25 m.
Divieti: nelle acque esterne del porto per i primi 400 m dall’imboccatura sono vietati: ancoraggio, sosta, balneazione, pesca in genere e sport ricreativi (Ord. di Circomare Porto S. Stefano).
Venti: nord - NE - SE.
Traversia: nord - NE.

Rade sicure più vicine: Golfo del Campese, Cala delle Cannelle.