L’isola di Capraia è parte integrante del Parco Nazionale dell’Arcipelago Toscano.

Zona 1
La zona 1, di tutela integrale, si estende nella parte occidentale, per una fascia di 1000 metri dalla costa compresa fra i seguenti punti:
Punta del Trattoio
  Punto A 43°01’18”N 9°46’48”E
  Punto B 43°03’18”N 9°47’18”E
  Punto C 43°03’24”N 9°47’48”E

Punta della Manza
Qui sono vietati la navigazione, l’accesso, la sosta e l’ancoraggio di imbarcazioni e natanti di qualsiasi genere e tipo, salvo le autorizzazioni rilasciate ai soli residenti.

Zona 2
Nella zona 2 sono vietati l’accesso e l’approdo nelle aree di nidificazione coloniale degli uccelli marini, individuate e segnalate a cura dell’Ente Parco, la pesca, sia professionale che sportiva, con qualunque mezzo esercitata, salvo quanto disposto dall’Ente Parco per i soli residenti nonché per i proprietari delle abitazioni.
E’ compresa fra i seguenti punti:
  Punto D 43°02’54”N 9°55’06”E
  Punto E 43°00’18”N 9°54’18”E
  Punto F 42°57’00”N 9°48’42”E
  Punto G 42°58’24”N 9°45’00”E
  Punto H 43°01’18”N 9°43’18”E
  Punto I 43°04’00”N 9°44’00”E
  Punto L 43°05’24”N 9°45’18”E
  Punto M 43°07’18”N 9°49’54”E
  Punto N 43°05’30”N 9°53’30”E
Con la delibera n.26/2001 l’Ente Gestore ha parzialmente modificato la normativa riguardante la zone “2”, di tutela parziale, con l’istituzione della zona “2A” nei due tratti compresi tra le punte Ortondomo e Bellavista, e tra Punta Porto Vecchio e Cala Mortola.