L’isola è parte integrante del Parco Nazionale dell’Arcipelago Toscano.

Zona 1
La zona 1, di tutela integrale, si estende nella parte sud-occidentale, da Cala Scirocco a Cala Maestra, per una distanza di circa 3 miglia dalla costa ed è compresa fra i punti:
Punto A 43°25’04”N 9°55’02”E
Punto B 43°24’42”N 9°54’30”E
Punto C 43°24’39”N 9°53’36”E
Punto D 43°25’00”N 9°52’48”E
Punto E 43°25’24”N 9°52’36”E
Punto F 43°26’18”N 9°52’48”E
Punto G 43°26’54”N 9°54’06”E
Qui sono vietati la navigazione, l’accesso, la sosta e l’ancoraggio di imbarcazioni e natanti di qualsiasi genere e tipo, salvo le autorizzazioni rilasciate ai soli residenti nelle isole di Capraia, Gorgona e Giannutri.

Zona 2
Nella zona 2 sono vietati l’accesso e l’approdo nelle aree di nidificazione coloniale degli uccelli marini, individuate e segnalate a cura dell’Ente Parco, la pesca, sia professionale che sportiva, con qualunque mezzo esercitata, salvo quanto disposto dall’Ente Parco per i soli residenti nonché per i proprietari delle abitazioni.