L’Isola di Giannutri è parte integrante del Parco Nazionale dell’Arcipelago Toscano. Fino alla scorsa stagione l’accesso è stato regolamentato con due canali di transito che consentivano la sosta a Cala degli Spalmatoi , sul versante est, e a Cala Maestra, sul versante ovest.

Zona 1
Sono istituite tre zone 1, di tutela integrale, da Punta S. Francesco a Punta Secca, da Punta del Calettino a Cala Ischiaiola, il promontorio di Punta Scaletta, delimitate dai seguenti punti:
a nord-est
Punto A 42°16’15”N 11°06’30”E
Punto B 42°15’42”N 11°07’36”E
Punto C 42°15’12”N 11°07’48”E
a sud
Punto D 42°14’36”N 11°07’24”E
Punto E 42°14’15”N 11°07’24”E
Punto F 42°13’42”N 11°06’36”E
Punto G 42°13’51”N 11°05’45”E
Punto H 42°14’15”N 11°05’12”E
Punto I 42°14’36”N 11°05’00”E
a nord-ovest
Punto L 42°15’42”N 11°05’06”E
Punto M 42°16’03”N 11°05’45”E
Qui sono vietati la navigazione, l’accesso, la sosta e l’ancoraggio di imbarcazioni e natanti di qualsiasi genere e tipo, salvo le autorizzazioni rilasciate ai soli residenti.

Zona 2
Nella zona 2 sono vietati l’accesso e l’approdo nelle aree di nidificazione coloniale degli uccelli marini, individuate e segnalate a cura dell’Ente Parco, la pesca, sia professionale che sportiva, con qualunque mezzo esercitata, salvo quanto disposto dall’Ente Parco per i soli residenti nonché per i proprietari delle abitazioni. E’ delimitata di punti:
Punto N 42°18’45”N 11°06’22”E
Punto O 42°17’06”N 11°10’21”E
Punto P 42°15’36”N 11°11’00”E
Punto Q 42°14’36”N 11°10’42”E
Punto R 42°13’36”N 11°10’39”E
Punto S 42°11’12”N 11°06’36”E
Punto T 42°11’54”N 11°03’42”E
Punto U 42°13’03”N 11°02’18”E
Punto V 42°14’15”N 11°01’45”E
Punto X 42°17’00”N 11°02’15”E
Punto Y 42°18’24”N 11°04’45”E
Punto Z 42°15’10”N 11°01’27”E