Il porto Interno si divide in Seno di Ponente e Seno di Levante.
Pericoli: la zona di mare antistante il poligono di tiro di Punta Contessa è interdetta alla navigazione, ancoraggio e pesca tutti i giorni escluso il sabato ed i festivi dalle 08 alle 16.
Orario di accesso: continuo
Accesso: per l'atterraggio nel porto, venendo da sud, bisogna necessariamente scapolare la boa bianca di Capo Cavallo lasciandola sul lato sinistro al fine di evitare i bassi fondali di Punta Capo Cavallo. Da detta boa dirigendo per 267° si entra nel Porto Esterno, la cui entrata è segnalata dal fanale verde della testata della Nuova Diga di Punta Riso e dal fanale rosso posto sull'Isolotto Traversa (Isole Pedagne). Dal Porto Esterno, si accede al Porto Medio attraverso il fanale verde posto sull'estremità della diga di Forte a Mare ed il fanale rosso posto sulla testata della Diga di Costa Morena. Dal Porto Medio al Porto Interno si accede attraverso il Canale Pigonati. Venedo da nord è consigliabile navigare passando a circa un miglio da Punta Penne dirigendo la prora sulla boa bianca di Capo Cavallo. Quando al traverso sulla dritta si vede il fanale verde della Nuova Diga di Punta Riso ed il fanale rosso dell'Isolotto Traversa (Isole Pedagne) accostare a dritta tenendosi al centro. In caso dovessero nascere dubbi sull'atterraggio, si consiglia di ridurre la velocità ed allargarsi dalla costa qualora si è troppo sotto costa. Contattare la Capitaneria di Porto di Brindisi sul canale 16 vhf o i Piloti del porto sul canale 12 vhf.
Fari e fanali: 3662 (E 2210) - fanale isofase a luce verde, periodo 2 sec., portata 5 M, sullo spigolo nord-est della banchina nord-ovest del Canale Pigonati; 3668 (E 2212) - fanale isofase a luce rossa, periodo 2 sec., portata 5 M, sullo spigolo nord-est della banchina sud-est del canale Pigonati; 3674 (E 2214) - fanale a luce fissa verde, portata 4 M, sullo spigolo sud-ovest della banchina nord-ovest del Canale Pigonati (visibile da 227° a 070°); 3680 (E 2216) - fanale a luce fissa rossa, portata 4 M, sullo spigolo sud-ovest della banchina sud-est del Canale Pigonati (visibile da 018° a 227°).
Fondo marino: fangoso
Fondali: da 2 a 8 m; in banchina da 4,5 a 8 m.
Radio: Vhf canale 16 - 11 (h. 08/20).
Posti barca: 10.
Lunghezza massima: 50 m.
Divieti: di ormeggio presso il Monumento al Marinaio e alle banchine abilitate al bunkeraggio a mezzo autobotte (banchina Feltrinelli e Punto franco); a sud di Brindisi esiste il poligono di tiro di Torre Veneri (tra S. Cataldo e località Frigole), la cui zona di divieto è riportata sulla carta nautica I.I. 30. Immediatamente a sud di Brindisi esiste il poligono di tiro di Punta Contessa per il quale è vietato attraversare o sostare nella fascia di mare antistante lo stesso poligono per 2,5 M dalla costa. Nei giorni che si effettuano le esercitazioni, i poligoni sono segnalati con bandiere rosse. La Capitaneria di Brindisi emana mensilmente apposita Ordinanza indicando i giorni e gli orari delle esercitazioni. Nell'interno del porto è vietato avvicinarsi a meno di 200 m dalle opere militari.
Venti: Tramontana - grecale.
Traversia: I e IV quadrante.
Esperto Locale: Piloti del porto.