Le imbarcazioni in transito ormeggiano su un pontile galleggiante posto davanti la torre di controllo; la direzione del porto gestisce i posti pubblici in transito. Ogni posto barca è privato: le agenzie nautiche presenti nel porto gestiscono i posti che i soci mettono a loro disposizione. Il Comune di Nettuno gestisce le banchine “P”-“Q”.